Seminar: Regulatorische und metabolische Netze in der Systembiologie

Dozent Adrian Schröder, Andreas Dräger
Sprechstunde Dienstags von 8:00 Uhr bis 10:00 Uhr
Zeit Dienstags 10:00 Uhr c. t.
Umfang 2 SWS
Beginn SS 09
Vorbesprechung 21. April 2009, 10:00 Uhr c. t., A302
Ort A302
Turnus unregelmäßig

Beschreibung:
In diesem Seminar werden aktuelle Forschungsthemen der Modellierung und Rekonstruktion regulatorischer und metabolischer Netzwerke behandelt. Teilnehmende halten ein Referat auf Deutsch oder Englisch (45 min + 15 min Diskussion) und erstellen eine schriftliche Ausarbeitung (ca. 15 bis 20 Seiten entsprechend der unten angegebenen Stilvorlage).

Themen und Termine

Datum Thema Betreuung Referent(in)
19.05.2009 Systembiologie - ein Ãœberblick [1, 2] Adrian Schröder Gergana Andreeva
19.05.2009 Metabolische Netzwerke [3] Adrian Schröder Kirsten Heitmann
26.05.2009 Strukturelle Modellierung biochemischer Reaktionssysteme [3] Andreas Dräger
26.05.2009 Genregulatorische Netzwerke [3] Adrian Schröder Steffen Sass
09.06.2009 Inferenz genregulatorischer Netzwerke [4] Adrian Schröder
09.06.2009 Dynamische Modellierung und Analyse von biochemischen Netzwerken [5, 6] Andreas Dräger
16.06.2009 Modellierung von Signaltransduktionsnetzwerken [3, 7, 8] Adrian Schröder
16.06.2009 Stochastische Simulation chemischer Kinetik [9] Andreas Dräger
23.06.2009 Optimierung in der Systembiologie [10,11] Andreas Dräger
23.06.2009 Die systembiologische Modellierungssprache SBML [12] Andreas Dräger
30.06.2009 Robustheit und Stabilität biochemischer Netzwerke [5,13,14] Andreas Dräger
30.06.2009 CellDesigner: Ein Werkzeug zur Modellierung in der Systembiologie [15] Adrian Schröder
21.07.2009 Nachbesprechung
  Warteliste  

Voraussetzungen:
Bachelorabschluss sowie Kenntnisse über Differentialgleichungssysteme und Enzymkinetik sowie Genregulation

Literaturempfehlungen:

[1] Westerhoff, H. V. und Palsson, B. O. The evolution of molecular biology into systems biology. Nat Biotechnol, Department of Molecular Cell Physiology, BioCentrum Amsterdam, De Boelelaan 1085, NL-108, HV Amsterdam, the Netherlands, 2004, 22, 1249-1252.
[2] Kitano, H. Systems biology: a brief overview. Science, Sony Computer Science Laboratories, Inc., 3-14-13 Higashi-Gotanda, Shinagawa, Tokyo 141-0022, Japan, 2002, 295, 1662-1664.
[3] Palsson, B., Systems Biology: Properties of Reconstructed Networks, Cambridge University Press New York, NY, USA, 2006.
[4] Li, H.; Xuan, J.; Wang, Y. und Zhan, M., Inferring regulatory networks. Front Biosci, 2008, 13, 263-275.
[5] Heinrich, R. und Schuster, S., The Regulation of Cellular Systems, Chapman und Hall, 1996.
[6] Borger, S.; Liebermeister, W.; Uhlendorf, J. und Klipp, E., Automatically generated model of a metabolic network. Genome Inform, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Berlin, Germany, 2007, 18, 215-224.
[7] Klipp, E. und Liebermeister, W., Mathematical modeling of intracellular signaling pathways. BMC Neurosci, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Ihnestr, 73, 14195 Berlin, Germany, 2006, 7 Suppl 1, S10.
[8] D'haeseleer, and G. Church. Automated modelling of signal transduction networks. BMC Bioinformatics, 3:34, Nov 2002.
[9] Gillespie, D. T., Stochastic simulation of chemical kinetics. Annu Rev Phys Chem, Dan T Gillespie Consulting, Castaic, CA 91384, USA, 2007, 58, 35-55.
[10] Banga, J. R. Optimization in computational systems biology. BMC Syst Biol, Instituto de Investigaciones Marinas, CSIC (Spanish Council for Scientific Research), C/Eduardo, Cabello 6, 36208 Vigo, Spain, 2008, 2, 47.
[11] Moles, C. G.; Mendes, P. und Banga, J. R., Parameter estimation in biochemical pathways: a comparison of global optimization methods. Genome Res, Process Engineering Group, Instituto de Investigaciones Marinas (CSIC), 36208 Vigo, Spain., 2003, 13, 2467-2474.
[12] Hucka, M.; Finney, A.; Sauro, H.; Bolouri, H.; Doyle, J.; Kitano, H.; Arkin, A.; Bornstein, B.; Bray, D.; Cornish-Bowden, A., The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models Bioinformatics, Oxford Univ Press, 2003, 19, 524-531.
[13] Zi, Z.; Zheng, Y.; Rundell, A. E. und Klipp, E., SBML-SAT: a systems biology markup language (SBML) based sensitivity analysis tool. BMC Bioinformatics, ics, Ihnestr, 73, 14195 Berlin, Germany, 2008, 9, 342.
[14] Steuer, R.; Gross, T.; Selbig, J. und Blasius, B., Structural kinetic modeling of metabolic networks. Proceedings of the National Academy of Sciences, National Acad Sciences, 2006, 103, 11868.
[15] Funahashi, A.; Matsuoka, Y.; Jouraku, A.; Morohashi, M.; Kikuchi, N.; Kitano, H., CellDesigner 3.5: A Versatile Modeling Tool for Biochemical Networks, Proceedings of the IEEE Volume 96, Issue 8, Aug. 2008 Page(s):1254 ? 1265.

Bemerkungen: 
Besonders geeignet für Bioinformatik-Studenten. 

Stilvorlage  

  • Für die Erstellung der Ausarbeitung mit Word97/2000 gibt es hier eine Stilvorlage (Word97-Format, 27kB).
  • Wenn Sie eine andere Textverarbeitung bevorzugen, orientieren Sie sich bitte an diesem Muster (PDF-Format, 13kB).
  • Für Latex-Fans gibt es einen Style mit kleiner Demo.