Seminar: Inference of Regulatory and Metabolic Networks in Systems Biology

Beschreibung:
In diesem Seminar werden aktuelle Forschungsthemen der Modellierung und Rekonstruktion von regulatorischen und metabolischen Netzwerken behandelt.

Teilnehmer halten ein Referat auf Deutsch oder Englisch (40min + 10min Diskussion) und erstellen eine schriftliche Ausarbeitung (ca. 15-20 Seiten entsprechend der unten angegebenen Stilvorlage). Die Ausarbeitung ist jeweils 14 Tage nach dem Vortrag abzugeben.  

Themen und Termine

Termin	Thema	Betreuung	Referent(in)
14.06.2007 9:15	Systems Biology: a brief overview [8, 10]	Jochen Supper	Frank Ziegner
14.06.2007 10:15	Fundamentals of biochemical modeling [5, 9]	Andreas Dräger	Klaus Kopec
14.06.2007 13:15	Processing of extracellular signals [2]	Jochen Supper	Lucia Spangenberg
14.06.2007 14:15	Automated modelling of signal transduction networks [14]	Jochen Supper	Alexander Herbig
14.06.2007 15:15	Kinetic modeling of transcriptional regulatory networks [13]	Jochen Supper	Patrick Sobetzko
21.06.2007 9:15	Computational identification of transcriptional regulatory elements in DNA sequence [3]	Jochen Supper	Nastasja Trunk
21.06.2007 10:15	MicroRNAs and their regulatory roles [6]	Jochen Supper	Thomas Müller
21.06.2007 entf.	Metabolic Control Analysis (MCA) [15]	Andreas Dräger
21.06.2007 11:15	Modeling the dynamics of the amino acid metabolism [4]	Andreas Dräger	Barbara Rakitsch
21.06.2007 13:15	KEGG and TRANSFAC: databases for biological systems [7, 12]	Andreas Dräger	Johannes Eichner
21.06.2007 entf.	SBML tools for Systems Biology [1]	Andreas Dräger
21.06.2007 14:15	Convenience kinectis for metabolic network analysis [11]	Andreas Dräger	Marc Rurik

Voraussetzungen:
ab 5. Semester 

Literatur:

[1] Tools for the systems biology markup language. www.sbml.org.

[2] G. Altan-Bonnet and R. N. Germain. Modeling T cell antigen discrimination based on feedback control of digital ERK responses. PLoS Biol, 3(11):e356, Nov 2005.

[3] D. GuhaThakurta. Computational identification of transcriptional regulatory elements in DNA sequence. Nucleic Acids Res, 34(12):3585–3598, 2006.

[4] R. Guthke, K. Zeilinger, S. Sickinger, W. Schmidt-Heck, H. Buentemeyer, K. Iding, J. Lehmann, M. Pfaff, G. Pless, and J. C. Gerlach. Dynamics of amino acid metabolism of primary human liver cells in 3D bioreactors. Bioprocess Biosystem Engineering, 28(5):331–340, April 2006.

[5] R. Heinrich and S. Schuster. The Regulation of Cellular Systems. Chapman and Hall, 115 Fifth Avenue New York, NY 10003, 1996.

[6] M. W. Jones-Rhoades, D. P. Bartel, and B. Bartel. MicroRNAS and their regulatory roles in plants. Annu Rev Plant Biol, 57:19–53, 2006.

[7] M. Kanehisa, S. Goto, M. Hattori, K. F. Aoki-Kinoshita, M. Itoh, S. Kawashima, T. Katayama, M. Araki, and M. Hirakawa. From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG. Nucleic Acids Res, 34(Database issue):D354–D357, Jan 2006.

[8] H. Kitano. Systems Biology: A Brief Overview. Science, 295(5560):1662–1664, 2002.

[9] H. Kitano, A. Funahashi, Y. Matsuoka, and K. Oda. Using process diagrams for the graphical representation of biological networks. Nature Biotechnology, 23(8):961–966, August 2005.

[10] I. Lazebnik. [Can a biologist fix a radio, or what I learned while studying apoptosis]. Adv Gerontol, 12:166–71, 2003.

[11] W. Liebermeister and E. Klipp. Bringing metabolic networks to life: convenience rate law and thermodynamic constraints. Theor Biol Med Model, 3:41, December 2006.

[12] V. Matys, O. V. Kel-Margoulis, E. Fricke, I. Liebich, S. Land, A. Barre-Dirrie, I. Reuter, D. Chekmenev, M. Krull, K. Hornischer, N. Voss, P. Stegmaier, B. Lewicki-Potapov, H. Saxel, A. E. Kel, and E. Wingender. Transfac and its module transcompel: transcriptional gene regulation in eukaryotes. Nucleic Acids Res., 1:34:D108–D110, 2006.

[13] A. Sayyed-Ahmad, K. Tuncay, and P. J. Ortoleva. Transcriptional regulatory network refinement and quantification through kinetic modeling, gene expression microarray data and information theory. BMC Bioinformatics, 8:20, 2007.

[14] M. Steffen, A. Petti, J. Aach, P. D’haeseleer, and G. Church. Automated modelling of signal transduction networks. BMC Bioinformatics, 3:34, Nov 2002.

[15] D. Visser and J. Heijnen. The mathematics of metabolic control analysis revisited. Metabolic Engineering, 4:114–123, 05 2002.

Bemerkungen: 
Besonders geeignet für Studierende der Bioinformatik. 

Stilvorlage

• Für die Erstellung der Ausarbeitung mit Word97/2000 gibt es hier eine Stilvorlage (, 27kB).
• Wenn Sie eine andere Textverarbeitung bevorzugen, orientieren Sie sich bitte an diesem Muster (, 13kB).
• Für -Fans gibt es einen Style mit kleiner Demo.