Seminar: Systembiologie

Dozenten Prof. Dr. Andreas Zell, Stephanie Hoffmann, Michael Römer
Sprechstunde Nach Vereinbarung
Zeit Dienstags, 16.15 - 17:15 Uhr
Umfang 2 SWS
Beginn 22. Oktober 2013
Vorbesprechung 15. Oktober 2013, 16.00 Uhr (Raum: C311, Sand 14)
Ort F122, Hörsaal, Sand 6/7
Turnus unregelmäßig

Beschreibung

In diesem Seminar werden aktuelle Forschungsthemen der Systembiologie behandelt. Teilnehmende halten ein Referat (45 min + 15 min Diskussion) und erstellen eine schriftliche Ausarbeitung (ca. 15 bis 20 Seiten entsprechend der unten angegebenen Stilvorlage). Die Seminarsprache ist englisch.

Themen und Termine

Datum Thema Betreuung Referent(in)
22. Okt. Introduction into Systems Biology - Stephanie Hoffmann
29. Okt. Toxicogenomics - Michael Römer
5. Nov. Microarrays and low-level data processing [1,2] Michael Römer Patrick Steinmetz
12. Nov. Gene set enrichment analysis [3] Michael Römer Pinar Türkmen
19. Nov. Next-Generation DNA Sequencing Methods [4,5] Stephanie Hoffmann Florian Aldehoff
26. Nov. Epigenetics in bioinformatics [11,12] Stephanie Hoffmann Jakob Matthes
3. Dez. Genomwide association studies (GWAS) [13,14] Michael Römer Eugen Netz
10. Dez. Modeling and flux balance analysis [16-18] Stephanie Hoffmann Martina Rehnert
17. Dez. Boolean Modeling of gene regulatory networks [15] Michael Römer Jonas Neuner
17. Dez. Reviewing the seminar - Supervisors

Vorraussetzungen

Bachelorabschluss sowie Kenntnisse über maschinelle Lernverfahren und systembiologische Netzwerke sind hilfreich.

Literaturempfehlungen:

[1] Hoheisel, J. D. Microarray technology: beyond transcript profiling and genotype analysis. Nat Rev Genet 7, 200-210 (2006).
[2] Allison, D. B., Cui, X., Page, G. P. & Sabripour, M. Microarray data analysis: from disarray to consolidation and consensus. Nat Rev Genet 7, 55-65 (2006).
[3] Subramanian, A.; Tamayo, P.; Mootha, V. K.; Mukherjee, S.; Ebert, B. L.; Gillette, M. A.; Paulovich, A.; Pomeroy, S. L.; Golub, T. R.; Lander, E. S. & Mesirov, J. P. Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc Natl Acad Sci U S A, Broad Institute of Massachusetts Institute of Technology and Harvard, 320 Charles Street, Cambridge, MA 02141, USA., 2005, 102, 15545-15550
[4]Metzker, M. L. (2010) Sequencing technologies - the next generation. Nature Reviews Genetics, 11(1), 31-46. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nrg2626
[5]Miller, J. R., Koren, S., & Sutton, G. (2010). Assembly algorithms for next-generation sequencing data. Genomics, 95(6), 315-327. Elsevier Inc.
[6]Björkholm, P. & Sonnhammer, E., Comparative analysis and unification of domain-domain interaction networks., 2009, 25, 3020-3025.
[7]Jensen, L. et al. STRING 8--a global view on proteins and their functional interactions in 630 organisms, Nucl. Acids Res., 2009, 37, D412-D416.
[8] Kanehisa, M. et al., M.; KEGG for representation and analysis of molecular networks involving diseases and drugs. Nucleic Acids Res. 38, D355-D360.
[9] Wrzodek, C., Dräger, A. & Zell, A. KEGGtranslator: visualizing and converting the KEGG PATHWAY database to various formats. Bioinformatics 27, 2314-2315, doi:10.1093/bioinformatics/btr377 (2011).
[10]Li, C. et al., SubpathwayMiner: a software package for flexible identification of pathways., Nucleic Acids Res, 2009, 37, e131.
[11]Bock, C., & Lengauer, T. (2007). Computational epigenetics. Bioinformatics, 24(1), 1-10.
[12]Bock, C., Paulsen, M., Tierling, S., Mikeska, T., Lengauer, T., & Walter, J. (2006). CpG island methylation in human lymphocytes is highly correlated with DNA sequence, repeats, and predicted DNA structure. PLoS genetics, 2(3), e26.
[13]Cordell, H. J., & Clayton, D. G. (2005). Genetic association studies. Lancet, 366(9491), 1121-1131.
[14]Biernacka, J. M., & Cordell, H. J. (2007). Exploring causality via identification of SNPs or haplotypes responsible for a linkage signal. Genet Epidemiol, 31(7), 727-740.
[15]Karlebach, G., & Shamir, R. (2008). Modelling and analysis of gene regulatory networks. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 9:770-780. doi:10.1038/nrm2503
[16]Orth, J. D., Thiele, I., & Palsson, B. O. (2010). What is flux balance analysis? Nature Biotechnology. 28(3):245-248.
[17]Raman, K., & Chandra, N. (2009). Flux balance analysis of biological systems: applications and challenges. Briefings in Bioinformatics. 10(4):435-449. doi:10.1093/bib/bbp011
[18]Mahadevan, R., Edwards, J. E., & Doyle, F. J. (2002). Dynamic flux balance analysis of diauxic growth in Escherichia coli. Biophysical Journal, vol. 83, pp. 1331-1340.
[19]Perrone, L. F., Wieland, F. P., Liu, J., Lawson, B. G., Nicol, D. M., & Fujimoto, R. M. (2006). Challenges for Modeling and Simulation Methods in Systems Biology. Proceedings of the 2006 Winter Simulation Conference.
[20]Courtot, M. et al. (2001). Controlled vocabularies and semantics in systems biology. Molecular Systems Biology. 7:543. doi:10.1038/msb.2011.77
[21]Hucka, M. et al. (2003). The Systems Biology Markup Language (SBML): A medium for representation and exchange of biochemical network models. Bioinformatics, vol. 19, no. 4, pp. 524-531.

Bemerkungen

Besonders geeignet für Bioinformatik-Studenten.

Stilvorlage 

  • Für Latex-Fans gibt es einen Style mit kleiner Demo. Dazu gibt es noch ein BibTex-File und die BibStyle Datei
  • Wenn Sie eine andere Textverarbeitung bevorzugen, orientieren Sie sich bitte an diesem Muster.



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