Praktikum: Chemoinformatik

Dozent A. Jahn L. Rosenbaum
Sprechstunde nach Vereinbarung
Zeit Do. 14 c.t. - 16 Uhr, A302
Umfang 2 SWS
Beginn Eine Wochen nach der Vorbesprechung
Vorbesprechung 14.10.2010 - 14 Uhr
Ort Sand 1, Raum A302
Turnus regelmäßig

Beschreibung

Cheminformatik behandelt Probleme der chemischen Datenverarbeitung, Speicherung und Modellierung von Eigenschafts-Strukturbeziehungen. In der Entwicklung und Forschung cheminformatischer Verfahren wird auf verschiedene Teilgebiete der Informatik zurückgegriffen, z.B.: Graphalgorithmen zur Berechnung chemischer Ähnlichkeiten, Maschinelle Lernverfahren zur in silico Vorhersage von Eigenschaften chemischer Verbindungen, oder informationstheoretische Ansätze zur Beschreibung chemischer Komplexität.

Die effizienten Hochdurchsatzverfahren helfen bei der Suche nach neuen Wirkstoffen und der Versuchsplanung. Kein Projekt zur Entwicklung eines neuen Wirkstoffes in der pharmazeutischen Forschung wird heute ohne Unterstützung der Cheminformatik durchgeführt.

Themen:

Datum Thema Betreuung Referent(in)
14.10.2010 Vorbesprechung

Literaturvorschläge:

1 Handbook of Chemoinformatics: From Data to Knowledge, Volumes 1-4 Edited by Johann Gasteiger, Wiley-VCH Verlag, Weinheim, 2003
2 An Introduction to Chemoinformatics. Andrew R. Leach, Valerie J. Gillet. Revised Edition, Springer-Verlag, 2007
3 Bonchev, D. and Rouvray, D. (2003) Chemical Complexity in Chemistry: Introduction and Fundamentals. Taylor & Francis.
4 Todeschini, R. and Consonni, V. (2000) Handbook of Molecular Descriptors. Wiley-VCH.
5 Cook, D. J. and Holder, L. B. (eds.) (2007) Mining Graph Data. Wiley.
6 Gasteiger, J., Sadowski, J., Schuur, J., Selzer, P., Steinhauer, L., and Steinhauer, V. (1996) Chemical Information in 3D-Space. J. Chem. Inf. Comput.Sci., 36, 1030-1037.
7 Bender, A., Mussa, H. Y., Glen, R. C., and Reiling, S. (2004) Similarity searching of chemical databases using atom environment descriptors (molprint 2d): evaluation of performance. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 44,1708-1718.
8 Rarey, M. and Dixon, J. S. (1998) Feature trees: a new molecular similarity measure based on tree matching. J. Comput.-Aided Mol. Des., 12, 471-490.
9 Goodford, P. J. (1985) A computational procedure for determining energetically favorable binding sites on biologically important macromolecules.J. Med. Chem., 28, 849-857.
10 Klebe, G., Abraham, U., and Mietzner, T. (1994) Molecular similarity indices in a comparative analysis (comsia) of drug molecules to correlate andpredict their biological activity. J. Med. Chem., 37, 4130-4146.
11 A. Leach. Molecular Modelling: Principles and Applications (2nd Edition), Prentice Hall, 2001.