Seminar: Algorithmen der Chemoinformatik

Dozent G. Hinselmann, N. Fechner, A. Jahn
Sprechstunde nach Vereinbarung
Zeit Do. 12 c.t. - 14 Uhr, A302
Umfang 2 SWS
Beginn Zwei Wochen nach der Vorbesprechung
Vorbesprechung 22.10.2009
Ort Sand 1, Raum A302
Turnus regelmäßig

Beschreibung

Cheminformatik behandelt Probleme der chemischen Datenverarbeitung, Speicherung und Modellierung von Eigenschafts-Strukturbeziehungen. In der Entwicklung und Forschung cheminformatischer Verfahren wird auf verschiedene Teilgebiete der Informatik zurückgegriffen, z.B.: Graphalgorithmen zur Berechnung chemischer Ähnlichkeiten, Maschinelle Lernverfahren zur in silico Vorhersage von Eigenschaften chemischer Verbindungen, oder informationstheoretische Ansätze zur Beschreibung chemischer Komplexität.

Die effizienten Hochdurchsatzverfahren helfen bei der Suche nach neuen Wirkstoffen und der Versuchsplanung. Kein Projekt zur Entwicklung eines neuen Wirkstoffes in der pharmazeutischen Forschung wird heute ohne Unterstützung der Cheminformatik durchgeführt.

Literatur wird in der Vorbesprechung angegeben. Eine Woche vor dem Vortrag müssen die Vortragsfolien mit dem Betreuer besprochen werden; der Student muss seine Ausarbeitung spätestens zwei Wochen nach dem Vortrag beim jeweiligen Betreuer abgeben. Der Vortrag und die Ausarbeitung dürfen gerne auf Englisch sein.

Themen:

Datum Thema Betreuung Referent(in)
19.11.2009 Einführung in die Cheminformatik Georg Hinselmann
26.11.2009 Molecular Encodings (File Formats, Graph Representation, SMILES, SMARTS, and Queries) Georg Hinselmann Jana Kneslova
03.12.2009 Quantitative Structure-Activity Relationships (Introduction and Machine Learning Approaches) Nikolas Fechner
10.12.2009 Molecular Geometry (Molecular Mechnics, Force Fields, and Geometry Heuristics (e.g., CORINA3D)) Andreas Jahn Gergana Andreeva
17.12.2009 Virtual Screening (Measures, Maschine Learning Approaches, and Similarity Fusion Approaches) Andreas Jahn
07.01.2010 Docking Approaches (Glide, Autodock, and FleXX) Nikolas Fechner Julija Negerisa

Weitere Termine:

  • 14.01.2009: Abgabe der Ausarbeitung
  • 21.01.2009: Nachbesprechung

Literaturvorschläge:

1 Handbook of Chemoinformatics: From Data to Knowledge, Volumes 1-4 Edited by Johann Gasteiger, Wiley-VCH Verlag, Weinheim, 2003
2 An Introduction to Chemoinformatics. Andrew R. Leach, Valerie J. Gillet. Revised Edition, Springer-Verlag, 2007
3 Bonchev, D. and Rouvray, D. (2003) Chemical Complexity in Chemistry: Introduction and Fundamentals. Taylor & Francis.
4 Todeschini, R. and Consonni, V. (2000) Handbook of Molecular Descriptors. Wiley-VCH.
5 Cook, D. J. and Holder, L. B. (eds.) (2007) Mining Graph Data. Wiley.
6 Gasteiger, J., Sadowski, J., Schuur, J., Selzer, P., Steinhauer, L., and Steinhauer, V. (1996) Chemical Information in 3D-Space. J. Chem. Inf. Comput.Sci., 36, 1030-1037.
7 Bender, A., Mussa, H. Y., Glen, R. C., and Reiling, S. (2004) Similarity searching of chemical databases using atom environment descriptors (molprint 2d): evaluation of performance. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 44,1708-1718.
8 Rarey, M. and Dixon, J. S. (1998) Feature trees: a new molecular similarity measure based on tree matching. J. Comput.-Aided Mol. Des., 12, 471-490.
9 Goodford, P. J. (1985) A computational procedure for determining energetically favorable binding sites on biologically important macromolecules.J. Med. Chem., 28, 849-857.
10 Klebe, G., Abraham, U., and Mietzner, T. (1994) Molecular similarity indices in a comparative analysis (comsia) of drug molecules to correlate andpredict their biological activity. J. Med. Chem., 37, 4130-4146.
11 A. Leach. Molecular Modelling: Principles and Applications (2nd Edition), Prentice Hall, 2001.

Stilvorlage

  • Für die Erstellung der Ausarbeitungmit Word97/2000 gibt es hier eine Stilvorlage( Word97-Format, 27kB).
  • Wenn Sie eine andere Textverarbeitungbevorzugen, orientieren Sie sich bitte an diesem Muster ( PDF-Format, 13kB).
  • Für Latex-Fans gibt es einen Stylemit kleinem Demo.