Seminar: Algorithmen zum Wirkstoffdesign
Dozent |
Jörg
K. Wegner |
Sprechstunde |
n.V. (vorher anrufen oder email) |
Zeit |
Do, 13 c.t.-14 c.t. |
Umfang |
2 |
Beginn |
06.11.2003 |
Vorbesprechung |
16.10.2003, in der ersten Vorlesungswoche |
Ort |
Kleiner Seminarrraum, Sand 6/7 |
Turnus |
unregelmäßig |
Beschreibung:
Es werden aktuelle Algorithmen zum Wirkstoffdesign behandelt.
Desweiteren wird zur Ergänzung das Seminar
'Machine Learning' empfohlen.
Teilnehmende halten ein Referat (45min Referat + 15min Diskussion)
mit Folien oder Laptop-Projektion und erstellen eine schriftliche
Ausarbeitung (ca. 15-20 Seiten entsprechend der unten angegebenen
Stilvorlage).
Themen und Termine
Datum |
Thema |
Betreuung |
Referent(in) |
06.11.2003 |
Einführung: Wirkstoffdesign |
Jörg
Wegner |
Jörg Wegner |
13.11.2003 |
Ringsuche: SSSR, ESER, ESSR, GSCE |
Jörg
Wegner |
Christoph Gattnar |
20.11.2003 |
Maximum Common Substructures (MCS) and
Pharmacophores |
Jörg
Wegner |
Birgit Miesner |
27.11.2003 |
Clustering algorithms (Overview) |
Jörg
Wegner |
Matthias Zschunke |
04.12.2003 |
Fuzzy Clustering |
Jörg
Wegner |
Roland Pache |
11.12.2003 |
D-optimal design, Statistical Molecular
Design (SMD) |
Jörg
Wegner |
Cornelia Friedle |
18.12.2003 |
Regression and Classification models:
Decision Forrests, SVM, Consensus models |
Jörg
Wegner |
Stephan Symons |
08.01.2004 |
Combinatorial Optimization using Tabu
search |
Jörg
Wegner |
Marc Lohrer |
15.01.2004 |
Optimization using Evolutionary Algorithms
(EA) |
Jörg
Wegner |
Nikolas Fechner |
22.01.2004 (Doppeltermin) |
Multiobjective Optimization |
Jörg
Wegner |
Georg Hinselmann |
22.01.2004 (Doppeltermin) |
Codierung von Deskriptoren: Autokorrelation,
RDF, FFT, Wavlets |
Jörg
Wegner |
Nikita Meyer |
29.01.2004 (Doppeltermin) |
De Novo Design + Chemical Constraints |
Jörg
Wegner |
Verena Schattel |
29.01.2004 (Doppeltermin) |
Konformationsanalyse + Ligand-Protein-Docking |
Jörg
Wegner |
Christoph Wilke |
Anmeldung:
Ausschließlich über dieses Webformular. Tragen Sie sich
bitte selbst mit den Schaltflächen ganz rechts in der Termin-Tabelle
ein. Wir reservieren Ihnen dann das gewünschte Thema bis zur
Vorbesprechung, an der Sie persönlich anwesend sein müssen.
Falls Sie eine Anmeldung wieder streichen möchten, schicken
Sie bitte eine entsprechende Email mit Ihrem Namen, Titel des Seminars
und Vortrags sowie Ihrer Matrikelnummer an Felix Streichert.
Voraussetzungen:
ab 5. Semester
Literatur:
- Journal-Publikationen:
-- CAS
Service (Naturwissenschaften, Schwerpunkt: Chemie, Biologie,
Medizin, Physik)
-- CiteSeer
(Informatik)
-- und ausgeteilte Literatur
- Vorlesungen:
-- H. Kubinyi: Drug Design [Kubinyi] (http://home.t-online.de/home/kubinyi/lectures.html)
- Bücher:
-- Böhm, Klebe, Kubinji: Wirkstoffdesign,
Spektrum Akad. Verlag, 1996 [BKK]
-- Todeschini, Consonni: Handbook of Molecular
Descriptors, Wiley-VCH, 2000 [TC]
-- Clark: Evolutionary Algorithms in Molecular
Design, Wiley-VCH, 2000 [Clark]
Bemerkungen:
Besonders geeignet für Studierende der Bioinformatik.
Stilvorlage
- Für die Erstellung der Ausarbeitung mit Word97/2000 gibt es
hier eine Stilvorlage (
,
27kB).
- Wenn Sie eine andere Textverarbeitung bevorzugen, orientieren
Sie sich bitte an diesem Muster
(
,
13kB).
- Für
-Fans gibt es seit kurzem einen Style mit kleinem Demo.
Damit Sie sich ein Bild davon machen können, wie eine fertige, gelungene
Ausarbeitung aussehen könnte, bieten wir Ihnen eine Arbeit aus dem
letzten Semester von Thomas Schurtz zum Thema "Java3D,
VRML und Web3D" ( ,
91kB) an.
http://www.ra.cs.uni-tuebingen.de/lehre/ws03/sem_wirkstoff.html
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