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Computer Science Dept.
University of Tübingen
 
 

Seminar: Algorithmen zum Wirkstoffdesign

Dozent Jörg K. Wegner
Sprechstunde n.V. (vorher anrufen oder email)
Zeit Do, 13 c.t.-14 c.t.
Umfang
Beginn 06.11.2003
Vorbesprechung 16.10.2003, in der ersten Vorlesungswoche 
Ort Kleiner Seminarrraum, Sand 6/7
Turnus unregelmäßig

Beschreibung:
Es werden aktuelle Algorithmen zum Wirkstoffdesign behandelt.  Desweiteren wird zur Ergänzung das Seminar 'Machine Learning' empfohlen.

Teilnehmende halten ein Referat (45min Referat + 15min Diskussion) mit Folien oder Laptop-Projektion und erstellen eine schriftliche Ausarbeitung (ca. 15-20 Seiten entsprechend der unten angegebenen Stilvorlage). 

Themen und Termine
Datum Thema Betreuung Referent(in)
06.11.2003 Einführung: Wirkstoffdesign Jörg Wegner Jörg Wegner
13.11.2003 Ringsuche: SSSR, ESER, ESSR, GSCE Jörg Wegner Christoph Gattnar
20.11.2003 Maximum Common Substructures (MCS) and Pharmacophores Jörg Wegner Birgit Miesner
27.11.2003 Clustering algorithms (Overview) Jörg Wegner Matthias Zschunke
04.12.2003 Fuzzy Clustering Jörg Wegner Roland Pache
11.12.2003 D-optimal design, Statistical Molecular Design (SMD) Jörg Wegner Cornelia Friedle
18.12.2003 Regression and Classification models: Decision Forrests, SVM, Consensus models Jörg Wegner Stephan Symons
08.01.2004 Combinatorial Optimization using Tabu search Jörg Wegner Marc Lohrer
15.01.2004 Optimization using Evolutionary Algorithms (EA) Jörg Wegner Nikolas Fechner
22.01.2004 (Doppeltermin) Multiobjective Optimization Jörg Wegner Georg Hinselmann
22.01.2004 (Doppeltermin) Codierung von Deskriptoren: Autokorrelation, RDF, FFT, Wavlets Jörg Wegner Nikita Meyer
29.01.2004 (Doppeltermin) De Novo Design + Chemical Constraints Jörg Wegner Verena Schattel
29.01.2004 (Doppeltermin) Konformationsanalyse + Ligand-Protein-Docking Jörg Wegner Christoph Wilke

Anmeldung:
Ausschließlich über dieses Webformular. Tragen Sie sich bitte selbst mit den Schaltflächen ganz rechts in der Termin-Tabelle ein. Wir reservieren Ihnen dann das gewünschte Thema bis zur Vorbesprechung, an der Sie persönlich anwesend sein müssen.
Falls Sie eine Anmeldung wieder streichen möchten, schicken Sie bitte eine entsprechende Email mit Ihrem Namen, Titel des Seminars und Vortrags sowie Ihrer Matrikelnummer an Felix Streichert.

Voraussetzungen:
ab 5. Semester 

Literatur:
 - Journal-Publikationen:
   -- CAS Service (Naturwissenschaften, Schwerpunkt: Chemie, Biologie, Medizin, Physik)
   -- CiteSeer (Informatik)
   -- und ausgeteilte Literatur
 - Vorlesungen:
   -- H. Kubinyi: Drug Design [Kubinyi] (http://home.t-online.de/home/kubinyi/lectures.html)
 - Bücher:
   -- Böhm, Klebe, Kubinji: Wirkstoffdesign, Spektrum Akad. Verlag, 1996 [BKK]
   -- Todeschini, Consonni: Handbook of Molecular Descriptors, Wiley-VCH, 2000 [TC]
   -- Clark: Evolutionary Algorithms in Molecular Design, Wiley-VCH, 2000 [Clark]

Bemerkungen: 
Besonders geeignet für Studierende der Bioinformatik. 

Stilvorlage

  • Für die Erstellung der Ausarbeitung mit Word97/2000 gibt es hier eine Stilvorlage (Word97-Format, 27kB).
  • Wenn Sie eine andere Textverarbeitung bevorzugen, orientieren Sie sich bitte an diesem Muster (PDF-Format, 13kB).
  • Für Latex-Fans gibt es seit kurzem einen Style mit kleinem Demo.
Damit Sie sich ein Bild davon machen können, wie eine fertige, gelungene Ausarbeitung aussehen könnte, bieten wir Ihnen eine Arbeit aus dem letzten Semester von Thomas Schurtz zum Thema "Java3D, VRML und Web3D" (, 91kB) an.

Last changes: 19.03.2018, 18:46 CET. RA-Webmaster. Impressum
http://www.ra.cs.uni-tuebingen.de/lehre/ws03/sem_wirkstoff.html
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