Simulation metabolischer Netze

Beschreibung:
Modelle für Stoffwechselprozesse (Metabolic Networks) in Zellen sind so komplex, daß eine mathematische Analyse schnell an ihre Grenzen stößt. Hier hilft eine computergestützte Analyse durch eine Simulation der Modelle weiter. Die Vorlesung behandelt alle Aspekte der computergestützten Simulation von metabolischen Netzwerken, insbesondere Datenbanken für metabolische Pathways, Beschreibungssprachen zellbiologischer Systeme, deterministische und stochastische Simulatoren, Sensitivitätsanalyse, Visualisierung und Parallelisierung von Simulationen, und bringt Beispiele für deren Anwendung bei der Rekonstruktion (Metabolic Inference) und Optimierung (Metabolic Engineering) von metabolischen Netzwerken und ihrer Parameter. 

Einführung - Graphische Darstellung biochemischer Systeme - Modelle biochemischer Systeme - Von Graphen zu Gleichungssystemen - Datenbanken und Beschreibungssprachen - Deterministische Simulation - Simulation von Diffusionsprozessen - Stochastische Simulation -  Parameterschätzung - Gleichgewichtsanalyse - Empfindlichkeitsanalyse - Fallstudien 

Voraussetzungen:
Vordiplom

Literatur:
Voit, E. O.: Computational Analysis of Biochemical Systems, Cambridge University Press,  ca. DM 100.-
Bower, J. & Bolouri, H.: Computational Modeling of Genetic and Biochemical Networks, MIT Press,  ca. DM 140.-
 

Software (zum Download):
PLAS (aus dem Buch von Voit)