Seminar: Systembiologie

Dozenten Roland Keller, Stephanie Hoffmann
Sprechstunde Nach Vereinbarung
Zeit 16 Uhr c.t.
Umfang 2 SWS, 4 LP
Beginn 15. April 2013
Vorbesprechung 1. Termin: 15. April 2013, 17 Uhr, A302, 2. Termin: 23.04.2013, 16 Uhr (s.t.), A302
Nachbesprechung 16.07.2013, A302
Ort A302
Turnus unregelmäßig

Beschreibung

In diesem Seminar werden aktuelle Forschungsthemen der Systembiologie behandelt. Teilnehmende halten ein Referat (45 min + 15 min Diskussion) und erstellen eine schriftliche Ausarbeitung (ca. 15 bis 20 Seiten entsprechend der unten angegebenen Stilvorlage). Die Seminarsprache ist ab diesem Semester englisch.

Themen und Termine

Datum Thema Betreuung Referent(in)
2012-05-07 Microarrays [1,2] Stephanie Tscherneck
2012-05-28 Standards in systems biology (SBML, SBO, etc.) [20,21] Roland Keller Matthias Rall
2012-06-11 Next-Generation DNA Sequencing Methods [4,5] Stephanie Tscherneck Wei Ding
2012-06-11 The KEGG knowledge base and pathay analysis: KEGG, KEGGtranslator and SubpathwayMiner [8-10] Roland Keller Marcel Hohloch
2012-06-18 Epigenetics in bioinformatics [11,12] Stephanie Tscherneck Elise Ross
2012-07-16 Modeling and Simulation - related to own work [16-18] Roland Keller

Vorraussetzungen

Bachelorabschluss sowie Kenntnisse über maschinelle Lernverfahren und systembiologische Netzwerke sind hilfreich.

Literaturempfehlungen:

[1] Hoheisel, J. D. Microarray technology: beyond transcript profiling and genotype analysis. Nat Rev Genet 7, 200-210 (2006).
[2] Allison, D. B., Cui, X., Page, G. P. & Sabripour, M. Microarray data analysis: from disarray to consolidation and consensus. Nat Rev Genet 7, 55-65 (2006).
[3] Subramanian, A.; Tamayo, P.; Mootha, V. K.; Mukherjee, S.; Ebert, B. L.; Gillette, M. A.; Paulovich, A.; Pomeroy, S. L.; Golub, T. R.; Lander, E. S. & Mesirov, J. P. Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc Natl Acad Sci U S A, Broad Institute of Massachusetts Institute of Technology and Harvard, 320 Charles Street, Cambridge, MA 02141, USA., 2005, 102, 15545-15550
[4]Metzker, M. L. (2010) Sequencing technologies - the next generation. Nature Reviews Genetics, 11(1), 31-46. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nrg2626
[5]Miller, J. R., Koren, S., & Sutton, G. (2010). Assembly algorithms for next-generation sequencing data. Genomics, 95(6), 315-327. Elsevier Inc.
[6]Björkholm, P. & Sonnhammer, E., Comparative analysis and unification of domain-domain interaction networks., 2009, 25, 3020-3025.
[7]Jensen, L. et al. STRING 8--a global view on proteins and their functional interactions in 630 organisms, Nucl. Acids Res., 2009, 37, D412-D416.
[8] Kanehisa, M. et al., M.; KEGG for representation and analysis of molecular networks involving diseases and drugs. Nucleic Acids Res. 38, D355-D360.
[9] Wrzodek, C., Dräger, A. & Zell, A. KEGGtranslator: visualizing and converting the KEGG PATHWAY database to various formats. Bioinformatics 27, 2314-2315, doi:10.1093/bioinformatics/btr377 (2011).
[10]Li, C. et al., SubpathwayMiner: a software package for flexible identification of pathways., Nucleic Acids Res, 2009, 37, e131.
[11]Bock, C., & Lengauer, T. (2007). Computational epigenetics. Bioinformatics, 24(1), 1-10.
[12]Bock, C., Paulsen, M., Tierling, S., Mikeska, T., Lengauer, T., & Walter, J. (2006). CpG island methylation in human lymphocytes is highly correlated with DNA sequence, repeats, and predicted DNA structure. PLoS genetics, 2(3), e26.
[13]Cordell, H. J., & Clayton, D. G. (2005). Genetic association studies. Lancet, 366(9491), 1121-1131.
[14]Biernacka, J. M., & Cordell, H. J. (2007). Exploring causality via identification of SNPs or haplotypes responsible for a linkage signal. Genet Epidemiol, 31(7), 727-740.
[15]Karlebach, G., & Shamir, R. (2008). Modelling and analysis of gene regulatory networks. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 9:770-780. doi:10.1038/nrm2503
[16]Orth, J. D., Thiele, I., & Palsson, B. O. (2010). What is flux balance analysis? Nature Biotechnology. 28(3):245-248.
[17]Raman, K., & Chandra, N. (2009). Flux balance analysis of biological systems: applications and challenges. Briefings in Bioinformatics. 10(4):435-449. doi:10.1093/bib/bbp011
[18]Mahadevan, R., Edwards, J. E., & Doyle, F. J. (2002). Dynamic flux balance analysis of diauxic growth in Escherichia coli. Biophysical Journal, vol. 83, pp. 1331-1340.
[19]Perrone, L. F., Wieland, F. P., Liu, J., Lawson, B. G., Nicol, D. M., & Fujimoto, R. M. (2006). Challenges for Modeling and Simulation Methods in Systems Biology. Proceedings of the 2006 Winter Simulation Conference.
[20]Courtot, M. et al. (2001). Controlled vocabularies and semantics in systems biology. Molecular Systems Biology. 7:543. doi:10.1038/msb.2011.77
[21]Hucka, M. et al. (2003). The Systems Biology Markup Language (SBML): A medium for representation and exchange of biochemical network models. Bioinformatics, vol. 19, no. 4, pp. 524-531.

Bemerkungen

Besonders geeignet für Bioinformatik-Studenten.

Stilvorlage 

  • Für Latex-Fans gibt es einen Style mit kleiner Demo. Dazu gibt es noch ein BibTex-File und die BibStyle Datei
  • Wenn Sie eine andere Textverarbeitung bevorzugen, orientieren Sie sich bitte an diesem Muster.



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