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Computer Science Dept.
University of Tübingen
 
 

Praktikum: Data Mining in der Systembiologie

Dozent Hannes Planatscher, Jochen Supper, Andreas Dräger
Sprechstunde während des Praktikums und n.V.
Zeit wird noch festgelegt
Umfang 4 SWS
Beginn wird noch festgelegt
Vorbesprechung und Einführung Anwesenheitspflicht!
Ort wird noch festgelegt
Turnus unregelmäßig

Termine:

"Literature Mining in der Systembiologie [Java/Perl]"

Beschreibung: Der aktuell zugängliche Wissenstand über die Funktion von Organismen ist in abertausenden wissenschaftlichen Publikationen dargelegt. Diese Informationen stehen so dem versierten Biologen und Mediziner zur Verfügung. Nur eine Teilmenge der Information wird in handgepflegten Datenbanken semantisch miteinander verknüpft. So ist die Frage "Welche Proteine beeinflussen die Expressionsrate von Gen Y im Organismus Z?", nur durch mühsame Literaturarbeit zu beantworten. Deshalb entstehen vermehrt Werkzeuge zur automatischen Wissensextraktion aus der Literatur. In diesem Praktikum soll ein einfach zu bedienendes Programm entstehen, das in einer großen Menge von "Abstracts" zunächst biologische Entitäten (Gennamen, Proteinnamen, Organismen etc.) erkennen soll. Im zweiten Schritt sollen Beziehungen zwischen den Entitäten extrahiert werden.

Bei Fragen zu diesem Thema wenden Sie sich bitte an Hannes Planatscher.

"Implementierung eines 3D-Clustering-Verfahrens [Java]"

Beschreibung: An unserem Lehrstuhl wurde ein Verfahren zum clustern von mehrdimensionalen (Gene, Stress und Zeit) Genexpressionsdaten entwickelt. Der Algorithmus zu diesem Verfahren ist dokumentiert und wurde bereits in MATLAB implementiert. In diesem Praktikum soll eine plattformunabhängige JAVA-Version dieses Verfahren implementiert werden. Das entwickelte Programm soll in der Lage sein Genexpressionsdaten zu importieren, den dokumentierten Algorithmus umzusetzen und soll über eine ansprechende GUI bedienbar sein.

Bei Fragen zu diesem Thema wenden Sie sich bitte an Jochen Supper.

"Implementierung und Anwendung des Apriori-Algorithmus [Java, SQL]"

Beschreibung:

Der Apriori-Algorithmus dient zum Ableiten von Assoziationsregeln aus transaktionalen Datenbanken. Er wird häufig in kommerziellen Warenhäusern eingesetzt, um herauszufinden, welche Waren oft gemeinsam gekauft werden und Vorhersagen über künftige Käufe aus bereits getätigten Einkäufen abzuleiten. In diesem Praktikum soll der Apriori-Algorithmus allgemeingültig und zusammmen mit einer Anbindung an eine einzurichtende und mit Daten zu befüllende transaktionale Datenbank implementiert werden. Über eine graphische Oberfläche soll eine komfortable Bedinung ermöglicht werden. Anschließend soll das Programm auf verfügbare realistische Datensätze aus Kommerz und biologischer Forschung angewendet werden.

Bei Fragen zu diesem Thema wenden Sie sich bitte an Andreas Dräger


Anmeldung:
Es gibt eine zentrale Anmeldung in der Vorlesung.

Literatur:


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