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Computer Science Dept.
University of Tübingen
 
 

Proseminar: Algorithmen zum Wirkstoffdesign

Dozent Jörg Kurt Wegner
Sprechstunde n.V. (vorher anrufen oder email)
Zeit Do, 13 c.t.-15 c.t.
Umfang
Beginn 29.04.2004

Vorbesprechung/
Übersichtsvortrag

29.04.2004, in der zweiten Vorlesungswoche/
Vortragsvorbereitung und Relevanz des Wirkstoffdesigns

Ort Grosser Seminarrraum, Sand 6/7
Turnus unregelmäßig

Beschreibung:

Es werden unterschiedliche Themengebiete des rechnergestützten Wirkstoffdesigns (Structure Based Drug Design, SBDD) behandelt. 

Themen und Termine
Datum Thema Betreuung Referent(in)
29.04.2004 Vorbesprechung und Übersichtsvortrag: Relevanz des Wirkstoffdesigns Jörg Wegner Jörg Wegner
01.07.2004 Beschreibung molekularer Strukturen: Deskriptoren [TC] Jörg Wegner Nico Weber
01.07.2004 Hypothesen: Modellqualität, Merkmalsselektion (feature selection) und Modelltypen (Teil 1) Jörg Wegner Michael Hitzelberger
08.07.2004 Pharmakokinetik (ADME)+Modelltypen (Teil 2) Jörg Wegner Maria Krügle
08.07.2004 Screening: Knock-Out Filter-Kriterien und Ähnlichkeitsanalysen Jörg Wegner Sabine Reusing
15.07.2004 Bioisosteroismus/Pharmakophore: Suche nach grössten gemeinsamen Substrukturen in Molekülen Jörg Wegner Matthias Sohr
15.07.2004 Computer-Assisted Structure Elucidation (CASE) Jörg Wegner Antonios Ntefeloudis
22.07.2004 Bibliotheksdesign: Algorithmen der kombinatorischen Chemie [BKK 11] Jörg Wegner Stephanie Gursch
22.07.2004 Homologiemodelle (Proteine) und De Novo Design (Liganden) Jörg Wegner Josia Assmies
  Evolutionäre Algorithmen im Wirkstoffdesign: Einleitung und Übersicht [Clark]   -

Teilnehmende halten ein Referat (45min Referat + 15min Diskussion) mit Folien oder Laptop-Projektion und erstellen eine schriftliche Ausarbeitung (ca. 12-15 Seiten entsprechend der unten angegebenen Stilvorlage).

Voraussetzungen:
keine 

Literatur:
 - Journal-Publikationen:
   -- CAS Service (Naturwissenschaften, Schwerpunkt: Chemie, Biologie, Medizin, Physik)
   -- CiteSeer (Informatik)
   -- und ausgeteilte Literatur
 - Vorlesungen:
   -- H. Kubinyi: Drug Design [Kubinyi] (http://home.t-online.de/home/kubinyi/lectures.html)
 - Bücher:
   -- Böhm, Klebe, Kubinji: Wirkstoffdesign, Spektrum Akad. Verlag, 1996 [BKK]
   -- Todeschini, Consonni: Handbook of Molecular Descriptors, Wiley-VCH, 2000 [TC]
   -- Clark: Evolutionary Algorithms in Molecular Design, Wiley-VCH, 2000 [Clark]

Bemerkungen:  Besonders geeignet für Studierende der Bioinformatik. Die TeilnehmerInnen werden gebeten sich möglichst noch in der vorlesungsfreien Zeit beim Betreuer zu melden, um bereits (englische!) Literatur zum Thema zu erhalten.

Stilvorlage
Für die Erstellung der Ausarbeitung mit Word97 gibt es hier eine Stilvorlage. Damit Sie sich ein Bild davon machen können, wie eine fertige, gelungene Ausarbeitung aussehen könnte, bieten wir Ihnen eine Arbeit aus dem letzten Semester von Thomas Schurtz zum Thema "Java3D, VRML und Web3D" (, 91kB) an.


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http://www.ra.cs.uni-tuebingen.de/lehre/ss04/pro_wirkstoffdesign.html
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