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Computer Science Dept.
University of Tübingen
 
 

Praktikum: Rechnergestützte Wirkstoffsuche

Dozent Prof. Dr. A. Zell, J. Wegner
Sprechstunde während des Praktikums und n.V.
Zeit 15 c.t.-9 c.t.
Umfang 4
Beginn 29.04.2004
Vorbesprechung 29.04.2004
Ort Sand 1, A307
Turnus unregelmäßig

Beschreibung:
Praktikumsteilnehmer bearbeiten je nach Schwierigkeitsgrad der Aufgaben einzeln oder in Kleingruppen (2-3 Teilnehmer) aktuelle Fragestellungen der rechnergestützten Wirkstoffsuche. Hierbei werden vor allem die Software-Bibliothek JOELib (Uni Tübingen), JCompChem (Uni Tübingen) und MOE (Chemical Computing Group) eingesetzt. Mögliche Themen:
1. Methoden des Molecular Modeling
2. Konformationsanalyse
3. Algorithmen der kombinatorischen Chemie
4. Fingerprint-Deskriptoren zur Leitstruktursuche
5. Topologische Deskriptoren zur Suche von Leitstrukturen
6. Räumliche Deskriptoren zur Suche von Leitstrukturen
7. Modellqualität und Hypothesen für Anwendungen im Wirkstoffdesign
8. Simulation pharmakokinetischer Vorgänge
9. Quantitative Struktur-Wirkungsbeziehungen (QSAR)
10. 3D-Struktur-Wirkungsbeziehungen, CoMFA-Methode

Termine:
werden noch bekannt gegeben


Datum Thema Betreuung Referent(in)
29.04.2004 - Jörg Wegner Mirko Jaumann
29.04.2004 - Jörg Wegner -
29.04.2004 - Jörg Wegner -
29.04.2004 - Jörg Wegner -
29.04.2004 - Jörg Wegner -
29.04.2004 - Jörg Wegner -
29.04.2004 - Jörg Wegner -
29.04.2004 - Jörg Wegner -
29.04.2004 - Jörg Wegner -
29.04.2004 - Jörg Wegner -
29.04.2004 - Jörg Wegner -
29.04.2004 - Jörg Wegner -
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Voraussetzungen:
nur geeignet für Bioinformatiker oder Informatiker mit NF Chemie. Java-Kenntnisse sind sinnvoll und erwünscht. Für die Entwicklung wird ANT und Eclipse eingesetzt. Es wird empfohlen das Tutorial der Open Source Bibliothek JOELib bereits gelesen zu haben.

Literatur: 
Böhm, Klebe, Kubinji: Wirkstoffdesign, Spektrum Akad. Verlag.
verschiedene Journal-Artikel.

Bemerkungen: 
Der Besuch der einstündigen Vorlesung "Arzneistoffdesign" wird empfohlen. 


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